Yui ist ein Hilfsprogamm (Mentale-Gesundheit-Beratungsprogramm Prototyp 001, Codename YUI), das in SAO die mentale Gesundheit überwachen soll. Was sie in der Beta auch noch konnte. Dort ist sie in ihrer NPC-Gestalt zu den Spielern gegangen, wenn diese Anzeichen von psychischen Problemen zeigten. Durch die Nachahmung von Emotionen ist es Ihre Aufgabe gewesen, diesen Spielern zu helfen. Mit dem regulären Start von SAO wurden ihr jedoch der Kontakt zu den Spielern vom Cardinal-System verboten. Da sie ab da nur noch die geistigen Zustände der Spieler überwachen aber nicht mehr helfen durfte, wurde ihr Kernprogamm beschädigt. Dabei entwickeln sich aber ein eigenes Bewusstsein und echte Emotionen bei Yui.
Als sie später die positiven Emotionen von Asuna und Kirito entdeckt, findet sie einen Weg in Ihrer NPC-Gestallt mit den beiden in Kontakt zu treten. Sie ahmt dabei ein hilfloses Kind mit Amnesie nach (Eine tatsächliche Amnesie ist bei näherer Betrachtung unlogisch.). Sie gibt zu, in dem Wald auf Ebene 22 auf Asuna und Kirito gewartet zu haben um die beiden zu treffen (Da sie sich dessen bewusst ist, kann es keine echte Amnesie gewesen sein). Asuna und Kirito nennt sie Mama und Papa.
Als Yui, um Asuna und Kirito zu retten, ein unbesiegbares Monster löschen muss, das einen geheimen Systemadministrator-Terminal bewacht, wird sie als fehlerhaftes Programm von Cardinal entdeckt und gelöscht. Zuvor gelingt es Kirito mit dem Terminal Yui’s Programm auf den lokalen Speicher seines NerveGear zu kopieren und zu einem InGame Item, einem Edelstein, zu machen. Kurz bevor Yui verschwindet sagt sie:

„Ihr beide könnt andere Leute glücklich machen, wenn Ihr bei ihnen seid und ihnen helft. Von jetzt an geht bitte und helft den Leuten an meiner Stelle. Teilt euer Glück mit allen Anderen.“